Outre le Comité permanent R, d'autres autorités sont chargées de contrôler les services de renseignement belges
Le Comité permanent R est l'instance spécialement chargée du contrôle des services de renseignement. Le contrôle exercé par le Comité permanent R ne se substitue en aucune manière au contrôle parlementaire ni à l’autorité que les ministres compétents exercent sur ces services. Le Comité permanent R travaille en toute indépendance et de manière complémentaire. En outre, d’autres autorités administratives et judiciaires peuvent aussi exercer (directement ou indirectement) un contrôle externe général ou particulier sur le fonctionnement des services de renseignement:
- L'Organe de recours en matière d'habilitations, d'attestations et d'avis de sécurité
- Le médiateur fédéral
- Le Conseil d'État
- Le pouvoir judiciaire
- La Cour des comptes
- La commission administrative chargée de la surveillance des méthodes spécifiques et exceptionnelles de recueil de données par les services de renseignement et de sécurité
L'Organe de recours en matière d'habilitations, d'attestations et d'avis de sécurité
En cas de refus d’octroi ou de retrait d'une habilitation ou attestation de sécurité ou en cas d'avis de sécurité négatif, la personne concernée peut saisir la juridiction administrative indépendante qui contrôle ainsi indirectement un aspect du fonctionnement des services de renseignement [voir Organe de recours].
Le médiateur fédéral
Cette instance contrôle tous les « services administratifs fédéraux » et donc également les services que le Comité peut contrôler. Le médiateur fédéral peut ouvrir des enquêtes à la suite d'une plainte d'un particulier ou à la demande de la Chambre des Représentants. Contrairement au Comité permanent R, il ne dispose donc pas d'un droit d'initiative.
Le Conseil d'État
La Sûreté de l'État intervient parfois en tant qu'instance d'avis lors de licences pour les entreprises de gardiennage et pour les détectives privés. Ces avis ne peuvent pas être contestés devant un organe de recours en matière d'habilitations, d'attestations et d'avis de sécurité. Cependant, comme cet avis fait partie intégrante du dossier administratif sur lequel une autorité se fonde pour prendre sa décision de refus, l'intéressé peut en prendre connaissance. S'il constate que la Sûreté de l'État lui impute à tort certains faits ou formule à tort un jugement négatif, il peut contester indirectement ces avis en requérant l'annulation de la décision auprès du Conseil d'État.
Dans le cadre de la loi relative à la publicité de l’administration, un recours est également ouvert au Conseil d’État, après refus d'un service de renseignement (ou de l'Organe de coordination pour l'analyse de la menace) de permettre la consultation de documents administratifs. Cette compétence lui a été conférée par la loi relative à la publicité de l'administration.
Le pouvoir judiciaire
Si l’action illégale ou fautive d’une autorité viole un des droits fondamentaux d’un citoyen ou lui cause un préjudice, celui-ci peut s'adresser aux tribunaux judiciaires ordinaires pour qu’ils mettent fin à l’illégalité et lui accordent réparation.
La Cour des comptes
La Cour des comptes exerce une tout autre forme de contrôle sur le fonctionnement des services publics. Elle contrôle l'utilisation des moyens financiers par les services de renseignement en vérifiant la légalité et la régularité de leurs dépenses et s'assure du respect des principes d'économie et d'efficacité.
La Commission administrative chargée de la surveillance des méthodes spécifiques et exceptionnelles de recueil de données par les services de renseignement et de sécurité
Dans le cadre des méthodes spécifiques et exceptionnelles de recueil de données par les services de renseignement et de sécurité, la Commission administrative exerce un contrôle de la légalité des mesures, y compris du respect des principes de subsidiarité et de proportionnalité. Dans certains cas, les méthodes ne peuvent être utilisées qu'après que la Commission administrative a émis un avis conforme à la décision du chef du service de renseignement d'utiliser une méthode spécifique ou exceptionnelle. Si les règles strictes ne sont pas respectées, la Commission administrative peut ordonner l'interdiction d'exploiter les données recueillies grâce à la méthode concernée ainsi que la suspension de celle-ci.